Древни стени, които датират от около 11 век, са открити под църквата Сан Антон. Билбао е един от първите градове, основани през четиринадесети век, по време на период, в който са били развити приблизително три четвърти от бискайските градове, сред които Португалете през 1323 г., Ондароа през 1327 г., Лекеитио през 1335 г. и Мунгия и Ларабецу през 1376 г. Диего Лопес V де Аро, тогава трети лорд на Бискайя, основава Билбао чрез общинска харта, датирана във Валядолид на 15 юни 1300 г. и потвърдена от крал Фердинанд IV от Кастилия в Бургос на 4 януари 1301 г. Диего Лопес създава новия град отдясно брега на река Nervión, на територията на елизата на Begoña и му предоставя fuero of Logroño, компилация от права и привилегии, които ще се окажат основни за по-късното му развитие.
През 1310 г. Мария Диас I де Аро, племенница на Диего Лопес V и лейди на Бискайя, дава нова общинска харта на града, която разширява още повече търговските му привилегии, превръщайки града в задължителна спирка за цялата търговия, идваща от Кастилия към морето. Тази втора харта постановява, че пътят от Ордуня до Бермео, по онова време най-важният търговски път в господството, трябва да пресича моста Сан Антон в Билбао вместо прохода в Ечебари, както беше дотогава. Това укрепва позицията на Билбао като търговски пост, в ущърб на Бермео, град, който дотогава е действал като главно пристанище на територията. [48] Освен това на Билбао са предоставени изключителни права върху цялата търговия между града и Лас Аренас. През 1372 г. Йоан I от Кастилия укрепва още повече позицията на града, като обявява Билбао за свободно пристанище и му предоставя специални привилегии по отношение на търговията с желязо. Това накара Билбао да се превърне във важно пристанище, особено поради търговията си с Фландрия и Великобритания.
През 1443 г. църквата „Свети Антоний Велики“ е посветена, построена на мястото на стар алкасар. И до днес църквата е една от най-старите запазени сгради в града. На 5 септември 1483 г. кралица Изабела I от Кастилия пътува до Билбао, за да се закълне във вярност към fueros на Бискай. Нейният съпруг Фердинанд II от Арагон вече го е направил през 1476 г. в Герника.